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PCR反應中Taq酶的選擇

2012年04月18日 09:06:30人氣:2585來源:上海滬宇生物科技有限公司


隨著分子生物學研究發展的不斷廣泛和深入,PCR已成為一門相當成熟的常規技術,而熱聚合酶(即Taq酶)的合理選擇是PCR成敗與否的一個關鍵因素。目前市面上有多種Taq酶,能夠滿足多方面的實驗需要。那么,如何選擇zui合適的Taq酶?根據用戶經常考慮的指標,如特異性、保真性、耐熱性、擴增速率、擴增片段長度、能否進行復雜模板擴增以及優化條件難易等等,我們在這兒將主要的Taq酶歸歸類,其性質、用途也就一目了然了。

高特異性Taq酶

高度特異性地擴增所需的片段是PCRzui基本的要求,影響PCR特異性的因素很多,包括模板、引物性質及質量、反應條件的控制等等,而高特異性Taq 酶的出現大大減少了摸條件這一繁瑣的實驗過程,也為PCR產物快速有效的純化(PCR產物直接純化)打下了基礎。這類酶zui典型的代表是熱啟動Taq酶。大家都知道,在PCR*個循環變性之前,有一個升溫的過程,引物和模板會有一些非特異性配對,如果這時Taq酶發揮活性,就很容易產生非特異性擴增,由于循環初期模板量非常少,產生的非特異性條帶經過后面的指數擴增,就會嚴重干擾目的片段的擴增,甚至導致特異性條帶不能擴出。而熱啟動Taq酶是必需經過高溫才能激活的酶,因此在初始循環的變性之前它沒有活性,不會產生非特異性擴增,這就大大提高了PCR擴增的特異性。*代熱啟動Taq酶往往直接在Taq 酶上做一些修飾,比如用抗體抑制,蠟封等,如Clontech、Stratagen、Gibcol-LTI的一些產品,由于抗體、蠟等異物的摻入,對實驗造成一定的影響,也給試驗者帶來一些不便。新一代的熱啟動Taq酶是通過內部改造的重組酶,真正實現便利的熱啟動,代表產品如QIAGEN公司的 HotStar系列,無需別的輔助抑制物,也不用擔心抑制不穩定,使用起來方便、。此外,由于幾乎所有的Taq酶產品都帶有相應的反應緩沖液,緩沖液的品質也對保證Taq酶特異性擴增起著不可忽視的作用,一般的緩沖液中調節H鍵作用的鹽只有KCl,QIAGEN公司的緩沖體系通過 KCl、(NH4)SO4鹽離子體系的平衡調節也提高了酶作用的特異性。

此外,熱啟動的Taq酶也是實現一步法RT-PCR的基礎。如QIAGEN公司的OneStep RT-PCR試劑盒,在RT反應較低溫度下,Taq酶沒有活性,逆轉錄酶發揮活性;RT反應結束,高溫滅活逆轉錄酶的同時,激活Taq酶,進行PCR反應。另一家公司Epicentre有一種MasterAmpTM Tth DNA聚合酶,本身就具有逆轉錄酶活性,也可用作RT-PCR。

高保真Taq酶

下游應用為基因篩選、測序、突變檢測,分子診斷等等的用戶,往往對PCR保真性要求很高,保真性的一個通用標準是錯配率,錯配率越低保真性越好。普通Taq酶的錯配率在2-5X10-5堿基/循環數,而高保真Taq酶錯配率可達10-6數量級,大大降低了出錯的可能。其原理主要是因為高保真Taq酶具有3‘到5’核酸外切酶(Proofreading)的活性,擴增途中如果產生了錯配的堿基,它可以將其切掉,從而保證了擴增的準確性。需要提醒用戶的是由于此酶具有核酸外切酶功能,往往擴增效率低一些,有的還容易降解引物,且產物一般不宜用TA或UA克隆法克隆。目前市面上主要有兩類產品,一類是混合型的高保真酶,將帶有Proofreading活性的酶與普通Taq酶(用于提高擴增效率)混合起來,錯配率在8-9 X10-6堿基/循環數。Clontech、LTI等公司都有此類產品。如果要求更高的保真度,就要選擇單一型的高保真酶,如Stratagene的 Pfu,NEB公司的Vent DNA 聚合酶,錯配率5.7 X10-5堿基/循環數;QIAGEN公司新推出的ProofStart DNA聚合酶,兼特異性與保真性于一體,其聚合酶及Proofreading活性都為熱啟動,可避免引物降解,錯配率達2-4×10-6堿基/循環數,加上優化的反應體系,可在室溫下配置反應液,可進行復雜模板(高GC含量、二級結構)及長片段的擴增,的確是這類酶中的*。

高耐熱性Taq酶

對于有些模板變性溫度較高,需要時間較長的用戶,可能要求高耐熱性Taq酶,這里介紹NEB公司的Vent和Deep Vent DNA聚合酶系列,兩者都是從海底火山口分離出來后克隆的,是普通Taq酶耐熱性的三倍以上,前者在95℃半衰期近7小時,100℃近2小時;后者更甚,分別為23小時和8小時。

超長片段擴增Taq酶

對于作基因組圖譜、測序及分子遺傳學研究的用戶,可能會用到超長片段的擴增,Clontech公司的Advantage Genomic系列混有Tth DNA聚合酶,Proofreading酶和熱啟動抗體,對復雜模板可擴增10kb片段,簡單模板可達40kb。

關于復雜模板的擴增

對于模板結構復雜,如GC含量高(>60%),有二級結構等,普通的Taq酶可能難以延伸下去,加入DMSO等助熔劑可幫助擴增順利進行,但 DMSO有毒,而且用量需要優化。QIAGEN公司的任何一種Taq酶都附有特制的Q-溶液,操作方便、安全,對復雜模板的擴增特別有效。

關于條件的優化

現下很多的生物試劑公司都提供優化的緩沖液,如QIAGEN公司的緩沖體系,對溫度和Mg2+的耐受性很強,隨試劑盒有推薦的操作手冊,大大減少了反應條件的優化,如果結合好的引物設計軟件和高質量的模板引物,一次成功率*。但任何東西都不是的,如果碰到比較特殊的情況,還需要仔細分析,優化調整。

以上就Taq酶的一些基本分類分別進行了介紹,具體選購時要根據實驗需要擇其重點,再參照其他參數,才能選到zui合適的Taq酶。我們會及時將的技術和產品推薦給大家,希望能幫助大家更快更好的達到實驗目的。

 

 

 

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