上述細胞損傷和其它變化，也都發生于感染動物體內。但是，由于機體防衛反應的限制，細胞損傷的范圍和程度，可能不同于試管內所見。再者，機體內各種類型的細胞并不呈現同樣的病毒感受性，例如傳染性軟疣主要侵害皮膚上皮細胞，狂犬病病毒主要侵害神經細胞等等。不言而喻，不同類型和不同部位的細胞損傷，對機體的危害性也不一樣。皮膚細胞發生損傷時，機體的正常生命活動一般不受明顯影響；粘膜細胞的損傷，則常引起比較嚴重的消化道或呼吸道癥狀；小血管內皮細胞的損傷，更可招致水腫、出血、梗塞和缺氧等嚴重病變。而腦細胞和心肌細胞的損傷，則常帶來致命性的后果。如前所述，機體內的細胞損傷與試管內培養細胞的細胞損傷有所不同，除病毒直接引起者外，還可能是免疫反應的結果，例如由抗原－抗體復合物或細胞免疫所致的細胞損傷或細胞死亡等。