1、濕熱滅菌法：濕熱滅菌法zui常用的生物指示劑為嗜熱脂肪芽孢桿菌孢子，如NCTC10007、NCIMB8157、ATCC7953。D值為1.5—3.0min，每片（或每瓶）活孢子數5*10（5）—5*10（6）個，在121℃、19min下應被*殺滅。此外，還可使用生孢梭菌孢子如NCTC8594、NCIMB8053、ATCC7955，D值為0.4—0.8min。 
2、干熱滅菌法：干熱滅菌法zui常用的生物指示劑為枯草芽孢桿菌孢子，如NCIMB8058、ATCC9372。D值大于1.5min，每片活孢子數5*10（5）—5*10（6）個。去熱原驗證時使用大腸桿菌內毒素，加量不小于1000細菌內毒素單位。 
3、輻射滅菌法：輻射滅菌法zui常用 的生物指示劑為短小芽孢桿菌孢子，如NCTC10327、NCIM10692、ATCC27142。每片活孢子數10（5）—*10（6），置于放射劑量25kGy條件下，D值約3kGy。但應注意滅菌產品中所負載的微生物可能比短小芽孢桿菌孢子顯示更強的抗輻射力。因此短小芽孢桿菌孢子可用于監控滅菌過程，但不能用于滅菌輻射劑量的建立。 
4、氣體滅菌法;環氧乙烷滅菌zui常用的生物指示劑為枯草芽孢桿菌孢子，如NCTC10073、ATCC9372。氣態過氧化氫滅菌zui常用的生物指示劑為嗜熱脂肪芽孢桿菌孢子，如NCTC10007、NCIM8157、ATCC7953。每片活孢子數1*10（5）—5*10（6）個。環氧乙烷滅菌中，枯草芽孢桿菌孢子D值大于2.5min，在環氧乙烷濃度為600mg/l，相對濕度為60%，溫度為54℃下滅菌， 
60min應被殺滅。 
5、過濾除茵法：過濾除菌法zui常用的生物指示劑為缺陷假單胞菌(如ATCC19146），用于濾膜孔徑為0.22um的濾器；黏質沙雷菌（ATCC14756），用于濾膜孔徑為0.45um的濾器。