火神山、雷神山醫院是臨時性醫院，建設速度快，接收病人多。醫療廢物、醫療廢水處置面臨的情況復雜。對此，生態環境系統高度關注，全力支持。治污隨整體建設一同開展。組織水專項團隊，協助開展火神山、雷神山醫院設計圖紙審核、設備選型，編制《武漢“小湯山模式”醫院污水處理技術方案》。武漢市生態環境局派員在現場提供指導服務。
 
    火神山醫院建設2條960噸/日污水處理設施，總處理能力1920噸/日。排放口建設流量、余氯、糞大腸菌群、化學需氧量、氨氮、pH值等在線監控設施。雷神山醫院污水處理能力1200噸/日，采用MBBR等工藝處理后經市政管網排入城鎮污水處理設施進一步處理。火神山廢水經管網排入石洋污水處理廠，雷神山廢水經管網排入黃家湖污水處理廠。兩所醫院污水消毒后總余氯濃度滿足有關標準要求。
 
    自疫情爆發來，湖北省在武漢市建立了省市區三級生態環境系統現場執fa檢查幫扶機制，對兩所定點醫院醫療廢物轉運及污水處理、醫療廢物暫存庫等進行日巡查、日專報，確保涉疫醫療廢物得到規范處置，保障涉疫污水穩定達標排放。此外，協調有關單位，為火神山、雷神山醫院提供水質在線監測設備，實時監控兩所醫院排水COD、氨氮、余氯等指標。