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免疫熒光細胞化學方法的原理是根據抗原抗體反應的規律，把已知的抗原或抗體標記上熒光素，制成熒光抗原或抗體，然后以它作為探針來檢測組織或細胞內的相應物質。方法具體種類有直接法、間接法、夾心法和補體法等。在熒光顯微鏡下，根據其形成復合物所發的熒光，來確定判斷檢測物的來源、性質和部位。
1、直接法：這是zui早的方法。其基本原理是用已知的抗體標記上熒光素后成為特異性熒光抗體，染色時將該抗體直接滴在載玻片上進行孵育，使之直接與載玻片上的抗原結合，在熒光顯微鏡下直接觀察，作出判斷。該方法評價：簡單易行、特異性高、快速方便，常用于腎活檢組織幾種免疫球蛋白的檢測和病原體的檢測。但其不足是只能檢測相應的一種物質，敏感性較差，效果有時不理想，目前較少作為更多方面的檢測。
2、間接法：該法的基本原理是用特異性的抗體與切片中的抗原結合后，繼用間接熒光抗體，與前面的抗原抗體復合物結合，形成抗原抗體熒光復合物。在熒光顯微鏡下，根據復合物的發光情況來確定所檢測的抗原。該方法評價：由于結合在抗原抗體復合物上的熒光素抗體增多，發出的熒光亮度強，因而其敏感性強。目前本法應用較廣泛，只需制備一種種屬熒光抗體，即可適用于多種*抗體的標記顯示。
3、如果你有針對待查抗原一抗（熒光素標記），而且你的待檢抗原表達也比較豐富的話，做直接法也未嘗不可。不過如果你不具備上述兩個條件的話，還是推薦你做間接法。
4、如果你做的是細胞骨架，那么就是用直接免疫熒光。如果是一般的蛋白表達，這個要看有沒有試劑是直接標記的；如果沒有，還是只能考慮間接熒光。直接熒光相對間接熒光可以避免非特異姓染色，當然步驟也少了些。我做過細胞骨架的直接染色，效果很好。
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