選擇基本培養基時，除待培養植物的基因型外，通常應考慮培養基的種類，其總離子濃度、總氮水平及氮源種類（硝態氮和銨態氮）與比例、鈣和氯化物的含量等。草本植物組織培養廣泛使用的MS培養基，而木本植物組織培養通常采用低鹽基本培養基如1/2或1/4MS或WPM（Woody Plant Medium，木本植物培養基）。除總離子濃度外，總氮水平、氮源種類（硝態氮和銨態氮）與比例也對組織培養影響甚大，因此根據具體情況改變基本培養基的氮源類型和濃度，可以提高培養效果[15~17]。

   不同基因型可能需要不同的基本培養基，但同一種植物在培養的不同階段或適用于不同的培養目的時，所需基本培養基也不同。通常按培養階段和目的可劃分為啟動或誘導培養基、增殖培養基、生根培養基等多種，這種劃分可能僅僅是激素的調整，或同一基本培養基某些成分的改變，甚至基本培養基種類的不同。如大多數植物在生根培養時使用1/2~1/4 MS或其他低鹽培養基如White培養基，體細胞胚胎發生也經常在不同階段要改變氮源的類型和比例等。基本培養基種類也可能影響到生長調節物質的作用效果，因此需要考慮不同基本培養基與不同濃度的生長調節物質之間的互作。

通常在對一種植物進行組織培養前，首先應查尋同屬、同種或同品種植物組織培養的有關資料，參考前人的研究成果。無法查找到有關資料，可以一些的基本培養基如MS、WPM或B5等開始試驗。如果對現有的基本培養基的篩選效果不理想，可以以MS、WPM或B5等基本培養基為基礎進行改良，改良的方法一般有以下幾種：

 （1）將基本培養基的大量成分或無機鹽成分減半至減四分之三（1/2，1/3，2/3，1/4，或3/4），或不同基本培養基成分組合如將B5的無機鹽成分與MS的有機成分組合在一起等；
 （2）增減氮源水平及調銨態氮和硝態氮（銨鹽和硝酸鹽）的種類和比例，氮源通常對培養物的質量和發育路線影響較大；
 （3）增加鈣鹽，以改善木本植物培養中的鈣缺乏；
 （4）附加*、氨基酸及有機添加物，這對營養需求復雜或難培養的植物較為有效；
 （5）對植物生長土壤及體內營養物質含量進行測定，給基本培養基改良提供參考；
 （6）將無機鹽、有機成分及生長素和細胞分裂素劃分為高、中、低三個水平，進行81（34）種組合試 驗，這樣更為。總之，可通過培養基質量（成分）和數量（濃度）調整，優化和選擇與既定植物材料的特定要求相適合的基本培養培養基。

     植物組織培養基中經常改變的因子是生長調節物質，尤其是生長素和細胞分裂素。生長素和細胞分裂素的種類、數量和比例通常根據經驗或激素的性質與功能確定。但更科學的方法是采用單因子試驗法和多因子試驗法（正交設計），這樣可以采用生物統計學方法對結果進行分析。如以一種基本培養基為基礎，將生長素（如NAA）和細胞分裂素（如BA）各以 9種濃度水平（0、0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0 mg/l）組合成81種處理，可以得到的生長素和細胞分裂素濃度水平的組合。正交設計雖然科學合理，考慮到了兩類激素之間的互作，但工作量較大。

     實踐中也可以采用固定生長素濃度，改變細胞分裂素種類或濃度，選擇*的細胞分裂素種類和濃度；以及反過采用同樣的方法也可對生長素進行選擇。或者有時為減少工作量，可代表性地配制數量較少的幾種組合（如生長素濃度相對高的一種，細胞分裂素濃度高的一種，生長素和細胞分裂素相平衡的一種），首先確定那類較為適合，然后根據適合的一類，利用單因子或多因子試驗法進一步確定zui適激素組合。確定zui適光照和溫度等因子的方法也同此。